文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对（或多序列联配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一列上。这样做的意义是，对 ...
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2017-07-15 22:42:46
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代码说明 以上为所有氨基酸的编号，序列，与位点标记。根据标记为“1”的位点，截取窗口：如下（实验结果）： 图示为一个窗口为12的蛋白质片段 2N+1=25； 实现代码： 注： ①更改#define N 12 可以任意改变要截取的窗口大小 ②positive12.txt为生成的正样本窗口，原本标记为“ ...
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2017-07-10 16:31:05
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代码说明： sequence.txt与site.txt整合 如下图： sequence.txt: site.txt: 整理之后如下： 蛋白质序列中发生翻译后修饰的位置标记为“1”，其他的位置标记为“0” 代码如下： 注： ①在初始化字符数组的时候，空间要大于所读取文件最长的长度，否则会出现篡位的问题 ...
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2017-07-09 17:18:06
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代码说明： 由于一些原因（氨基酸序列过长），没有算出PSSM与SS，按照整理出来的未算出特征的文件，删除原来的蛋白质序列： 需删除的氨基酸文件732.txt（共732条氨基酸）： 删除前 氨基酸共25103*2=50206列 删除后 氨基酸共50206-732*2=48742列 代码如下： 删除每条 ...
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2017-07-09 13:47:58
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代码说明： 使用单个蛋白质的txt计算PSSM生成的结果为单个的PSSM文件。 但是由于一些原因（如蛋白质序列过长），会导致一些蛋白质txt文件无法计算出pssm,为了找到这些没有计算出pssm的蛋白质序列，写出一下代码： 注： ①：isFile() public boolean isFile()测 ...
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2017-07-08 13:26:43
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你是否发现，鸡蛋煮熟后，蛋黄表面会呈现青黑色。 这是怎么回事？ 这是因为鸡蛋的蛋白质富含有半胱氨酸，鸡蛋如果加热过度使半胱氨酸部分分解产生硫化氢，与蛋黄中的铁结合形成黑色的硫化铁。煮蛋中如果鸡蛋表面的青黑色和鹌鹑蛋罐头的黑色物质就来源于此。 鸡蛋不宜过度加热，否则会造成蛋白质过度凝固，甚至变硬变韧， ...
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2017-07-06 14:28:04
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背景： FrameBot 用于纠正DNA序列中的插入和缺失，然后正确的翻译成蛋白质序列，frameBot 工具集成在RDPTools 中 源代码： https://github.com/rdpstaff/Framebot 安装： wget wget https://github.com/rdpsta ...
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2017-07-05 09:57:20
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代码说明： fasta格式的蛋白质序列，一个txt里面有很多蛋白质序列，计算ss、pssm或disorder score时候都需要单条计算，需要分开。 分割前： 分割后： show you the code： ...
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2017-07-04 21:36:33
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她每天吃一个煮熟的苹果，从此打开了通往新世界的大门~ 2017-05-06小金豆郑州微公交通常人们吃苹果都是洗干净削皮生吃大家有没有想过将苹果煮熟以后再吃呢？小编的一位朋友她特别乐于研究厨房里的事情前几天，她煮了一碗苹果拿给小编一开始，我是拒绝的！但吃了第一口之后根本停不下来！其实，煮苹果除了好吃还... ...
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2017-07-03 10:11:48
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蘑菇加一物，赛过神仙药！你竟然还不知道？ 2016-03-30 导读坊间有一种说法，叫“吃四条腿的不如吃两条腿的，吃两条腿的不如吃一条腿的”。这一条腿指的就是菌菇类。那么美味的蘑菇究竟和谁一起吃赛过神仙药呢?一、常见蘑菇的营养价值 蘑菇的种类有很多不仅仅是香菇一种，日常生活中的杏鲍菇、木耳、金针菇、... ...
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2017-06-30 17:12:58
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