R语言中的输出及异常捕获

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1. print()
2. cat()
3. message()
4. warning()
5. stop
   上面5中输出形式，可以分为两类：print()和cat()是以标准输出(stdout)的形式输出；而剩下的三种（messages(), warning(), stop()）是以标准错误(stderr)的形式输出。这类似于Linux环境中的输出形式。

详细请参考：Linux中标准输出和标准错误的重导向

print()

print()是我们最为常用的输出形式，使用也非常方便。但是它也有一些缺点，首先它没有连接字符串的功能，如果你想讲多个字符串作为一个整体输出，那么要首先使用paste()函数将多个字符串连接成一个字符串。其次，最让人讨厌的是，每次print()输出，其前面都会有个序列号[x]，如下，

print("Hello")
# [1] "Hello"

cat()

cat()的输出要比print()看着舒服很多，首先它可以自动以空格为分隔符，连接字符串。如下：

cat("Hello","World\n")
# Hello World

而且，cat()的输出内容前面没有序列号，看起来更加整洁。不过它的缺点，就是你必须要加换行符，否则所有内容就会在同一行显示。

message()，warning()和stop()

这三种输出以标准错误的形式输出，同时它们都有自动连接字符串的功能，和paste0()的连接形式相似。

message("Hello","Wold")
# HelloWold

warning("Hello","Wold")
# Warning message:
# HelloWold 

stop("Hello","World")
# Error: HelloWorld

所以需要你在字符串中加上分隔符。
三者的作用有所不同，message()主要用于程序运行中，输出一些提示信息，不影响程序的运行；warning()是提示程序运行中可能存在的一些异常，但是不会影响程序本身的运行；而stop()是程序运行出现错误的时候，终止程序的运行，并抛出错误信息。例子如下：

for (i in list(2,1,0,-1,-2,"abc",3,5)){
    message("Current i is: ",i)
    print(log(i))
}

# Current i is: 2
# [1] 0.6931472
# Current i is: 1
# [1] 0
# Current i is: 0
# [1] -Inf
# Current i is: -1
# [1] NaN
# Current i is: -2
# [1] NaN
# Current i is: abc
# Error in log(i) : non-numeric argument to mathematical function
# In addition: Warning messages:
# 1: In log(i) : NaNs produced
# 2: In log(i) : NaNs produced

对一个列表list(2,1,0,-1,-2,”abc”,3,5）中的每一元素取对数，当遇到负数的时候，系统提示warning，并且返回了NaN。注意warning的信息通常在脚本运行结束的时候输出（否则你可能会错过warning的信息）。而当遇到列表中的字符串的时候，对字符串取对数直接提示了错误，并终止的程序的进行，后面列表中的元素，3和5，没有进行取对数。

异常的捕获

如在上面的例子中，遇到字符串程序便终止了，如果我们让程序跳过这个错误，继续往下执行，该怎么办呢？这就涉及到了程序运行中异常的捕获和处理。在R中比较常用的是tryCatch()函数。

for (i in list(2,1,0,-1,-2,"abc",3,5)){
    message("Current i is: ",i)
    tryCatch(
        {print(log(i))},
        warning = function(w) {message("Negative values!")},
        error = function(e) {message("Enter numeric value!")}
        )    
}

# Current i is: 2
# [1] 0.6931472
# Current i is: 1
# [1] 0
# Current i is: 0
# [1] -Inf
# Current i is: -1
# Negative values!
# Current i is: -2
# Negative values!
# Current i is: abc
# Enter numeric value!
# Current i is: 3
# [1] 1.098612
# Current i is: 5
# [1] 1.609438

通过tryCatch()函数可以捕获一些异常情况，将异常情况处理，这样不会影响到后续程序的执行！
同样地，message()作为一种标准错误，也可以通过tryCatch()来捕获。下面是一个真实遇到的情况。有这么一组数据，我想拟合混合线性模型，但是在这个过程中出现了提示信息：

librar(lme4) # version 1.1-19
my_df <- data.frame("Group" = c(rep("Control",2), rep("Mutual",2)), "Rep" = c("a","b","c","d"), 
                    "ref" = c(27,20,23,50),
                    "alt" = c(0,0,0,1))

print(my_df)
#     Group Rep ref alt
# 1 Control   a  27   0
# 2 Control   b  20   0
# 3  Mutual   c  23   0
# 4  Mutual   d  50   1

my_df.model <- glmer(cbind(alt,ref) ~ Group + (1|Rep) , my_df, binomial)
# singular fit

这时出现了“singluar fit”的提示，它的出现不影响模型的输出，查看my_df.model仍然可以看到模型拟合结果，但是singular fit的出现意味着模型过度拟合，而我并不想把这种存在问题的模型放在我的结果中，所以，要捕获message()的提示信息，然后返回NA作为结果。

cal_lme <- function(my_df){
    tryCatch({
        my_df.model <- glmer(cbind(alt,ref) ~ Group + (1|Rep), my_df, binomial) 
        rr <- summary(my_df.model)
        return(rr)},
        message = function(m){
            return(NA)
            }
    )
}

总结

R中常用到的5种输出形式，包括两种标准输出: print()和cat(), 三种标准错误输出：message()、warning()和stop()。对于三种标准错误输出，可以通过tryCatch()函数捕获程序异常情况并处理。
tryCatch的使用模版：

tryCatch(
    {when everything is normal},
    message = function(m){},
    warning = function(w){},
    error = function(e){}
    )

===== THE END ====

参考资料：

https://stackoverflow.com/questions/36699272/why-is-message-a-better-choice-than-print-in-r-for-writing-a-package

R语言中的输出及异常捕获

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原文地址：https://blog.51cto.com/15069450/2577337