"原文" 简要介绍 在生信中，k mer指生物序列中长度为k的子序列。$k$ mer包含着生物序列的两个基本特征： 1. 单体组分信息 2. 序列顺序信息 通过两个信息可以基本确定一个序列。在许多生物相关领域都有着广泛应用，如用于序列组装(构建De Bruijn图)，生物序列特征提取(机器学习的输入 ...
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2019-10-27 20:27:19
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神经网络 感知机 解决分类问题 "http://playground.tensorflow.org" 神经网络 定义: ? 在机器学习领域和认知科学领域,人工神经网络(artificial neural network) 简称ann或类神经网络,一种放生物 神经网络的结构和功能的计算模型,用于对函数 ...
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2019-10-27 16:54:45
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生物信息：找出基因，生物学家使用字母A、C、T和G构成的字符串建模一个基因组。一个基因是基因组的子串，它从三元组ATG后开始在三元组TAG、TAA或TGA之前结束。此外，基因字符串的长度是3的倍数，而且基因不包含三元组ATG、TAG、TAA和TGA。编写程序提示用户输入一个基因组，然后显示基因组里的 ...
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2019-10-27 16:24:11
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原文地址：https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1006379 翻译：度娘 润色：我 引言 你是一名科学家，也就是一位职业写作者。写作与分子生物学、化学分析、统计学或其他纯粹的“科学”工具一样重要 ...
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2019-10-26 12:07:13
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长非编码RNA，英文名为long noncoding RNAs，缩写为lncRNA，是指长度大于200 核苷酸的非编码RNA。LncRNA因具有非常重要的调控功能，且几乎参与到了各种生物学过程和通路，与各种疾病的发生发展紧密关联，从而成为过去几年和将来的研究热点和重点。对于人类基因组来说，产生的ln... ...
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2019-10-25 23:31:16
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计算生物学，生物信息学，计算生物信息学 杂志 期刊 BMC BioinformaticsBMC Genomics BMC System Biology BMC subs BRIEFINGS IN BIOINFORMATICSBioinformaticsCOMPUTATIONAL BIOLOGY AN ...
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2019-10-25 10:02:40
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老师要做一个关于生物信息工程的网站，一个同学要负责网站的搭建，让我来研究blast。但是这个软件的教程太少了，在看的过程中走了不少弯路。写个文章记录一下，以便以后使用。同时还会根据项目的进程进行更新。 2019/10/24 一、说明 Blast，全称Basic Local Alignment Sea ...
生物医学大数据： 参考书： 信息学是研究数据生命周期的学科，所以生物信息学是研究生物数据生命周期的学科。 Data-information-knowledge-wisdom 37-37℃--fever--prediction or deal with (medicine) Descriptive|p ...
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2019-10-24 18:19:34
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生物信息学 Contig是reads拼成的连续的DNA片段，连续表达一个gene。通过双端测序的contig可确定contig之间的关系得到scaffold，Scaffold是reads拼成的有gap的DNA片段。理想情况下，一条染色体用同一个scaffold的表达。整个genome存在很多零碎片段 ...
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2019-10-23 13:22:54
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cuffdiff： cuffdiff的输入 1. bam文件 2. control和treat两组样本。每组可包含一个或多个样本。 若执行：cuffdiff c1,c2,c3 t1,t2,t3，则得到1个差异列表。 若分别执行：cuffdiff c1 t1 cuffdiff c2 t2 cuffdi ...
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2019-10-21 16:10:20
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