2016使用RAxML做Maximum likelihood 进化树

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话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。

所以下了一个RAxML，在linux下有好几种编译方式，看了一下手上的机器支持AVX指令集，所以选择AVX-MPI方式吧。

先安装openmpi，照网上教程编译就行，就是略慢。

但是安装完mpicc之后，再去编译RAxML时发现gcc版本不够高，无法支持AVX，虽然不知道AVX能带来多大的速度提升，但是出于学习考虑还是尝试升级一下gcc吧

下了一个gcc4.8.1，注意在编译之前要下载一下依赖库./contrib/download_prerequisites，然后编译安装即可

2016使用RAxML做Maximum likelihood 进化树

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原文地址：http://www.cnblogs.com/cenkai/p/5096958.html