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samtools 格式详解
局部组装常用命令及其参数
$samtoolsdir/samtools view -@ $NP -Sb $out/bwamem_$sample.sam -o $out/bwamem_$sample.bam
-@
-S
-b
-o $samtoolsdir/samtools sort -@ $NP $out/bwamem_$sample.bam -o $out/bwamem_$sample.sorted.bam $samtoolsdir/samtools index $out/bwamem_$sample.sorted.bam
参考资料:
SAM Spec v1.4 SAM格式说明文件
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原文地址：http://www.cnblogs.com/leezx/p/5603374.html
