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Eclipse是允许自配置Tomcat来调试Java web的，但是它发布的时候默认不是发布到Tomcat的webapps的目录下，这让我纠结了好久，因为我开始用MyEclipse（但为了保持团队开发工具的统一，现在都改成了Eclipse作为开发工具）开发Java Web时，他会自动部署到webapps目录下，奇怪了，跑到哪去了？问了下同事，也查了下资料，下面的这篇文章帮我找到了解决方案：
在Eclipse下配置server为Tomcat(一般为Tomcat 6.X)，双击server面板中的Tomcat v6.0 Server，出现的Server Locations配置有三个选项：
1. Use workspace metadata (does not modify Tomcat installation);
2. Use Tomcat installation (take control of Tomcat Installation);
3. Use Custom location (does not modify Tomcat installation);
第一个选项表示使用当前workspace的metadata路径，它一般会将输出文件保存至workspace目录下；第二个表示输出文件保存至tomcat安装目录下；第三个没使用过。
但是如果需要修改此配置，需先将tomcat服务下的工程全部移除(remove all)，右键点击 clean 命令，最后才能修改此项配置;
除此之外，此选项下面还有两个参数输入框：
1. Server path(即tomcat或者eclipse根目录)
2. Deploy path(工程文件的根目录，tomcat一般为webapps，workspace下一般为wtpwebapps)
PS：一般情况下 workspace的子路径为 （工作空间）.metadata.pluginsorg.eclipse.wst.server.core mp0{Deploy path} (其中Deploy path可以自己配置默认的workspace为wtpwebapps)
关于eclipse配置tomcat们还有一个问题我曾经遇到过：如果将 server(假设原来是Tomcat 6)删掉，再想配置成原来的配置（对应假设为Tomcat 6），似乎无法选择此项，但是选择其他类型（比如Tomcat 5），此时解决办法就是新建worksapce，删除掉原来的workspace下的.metadata文件夹。
比如我的Window 7 系统路径为：
c:\Users\Administrator\workspace\.metadata.pluginsorg.eclipse.wst.server.core\mp0wtpweb\apps
Eclipse下 tomcat 输出路径配置修改 (Java Web发布路径修改/webapps/wtpwebapps)
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原文地址：http://www.cnblogs.com/52php/p/5665480.html
