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最长公共子序列(LCS)

时间:2017-09-16 13:22:01      阅读:260      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:wls   mvm   odk   elk   mdm   hmm   tag   vlc   bcb   

观看了麻省理工大学的算法导论课程,讲解了动态规划求解最长公共子序列的方法,受益匪浅,现做个总结。
 
1、公共子序列和公共子串的区别
公共子串是指连续的公有字符串,公共子序列是指两个字符串都任意删除0个或多个字符后得到的公有字符串,子序列可以是不连续的。
举个例子吧,有两个字符串,串A为“1 2 3 4 5 6 7”,串B 为“1 3 4 5 8 7”,很明显,A和B的公共子串为“3 4 5”,A和B的公共子序列可以是 “3 5”,或是“1 3 7”,等等。
 
最长公共子串:在两个字符串中找到一个最长的公共子串,要求子串在原串中是连续的。
最长公共子序列:在两个字符串中找到一个最长的公共子串,不要求子串在原串中是连续的。
2、问题描述
现有两个序列x[1...m],y[1...n],要求出两个序列的最长公共子序列。
假设x和y如下:
x[1...m] = {A, B, C, B, D, A, B};
y[1...n] = {B, D, C, A, B, A};
3、穷举法
  • 求出x中所有包含的子序列数:2^m
  • 检测y中是否包含每一个子序列:n
时间复杂度为:O(2^m * n),消耗天价的时间,明显不合格。
4、动态规划求解
先假设有 C[i,j] = | LCS(x[1...i] , y(1...j)) |,则有:
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 根据上面要求可以写出求解LCS问题的伪代码:
 
1  LCS(x,y,i,j)  
2      if x[i] = y[j]  
3          then C[i,j] ← LCS(x,y,i-1,j-1)+1  
4      else C[i,j] ← max{LCS(x,y,i-1,j),LCS(x,y,i,j-1)}  
5    return C[i,j]

  为了在求解过程中不进行重复计算,用一个二维数组来暂时存储已经计算过的值,牺牲空间来获得时间上的优化。

 代码如下:
 1 public class LCS {
 2     public static int[][] vals ;
 3 
 4     public static int getLCS(String str1,String str2){
 5         int len1 = str1.length();
 6         int len2 = str2.length();
 7 
 8         vals = new int[len1+1][len2+1];
 9 
10         for(int i=0;i<len1;i++){
11             // 二维数组从[1][1]开始进行有效存储
12             int fi = i+1;
13             for(int j=0;j<len2;j++){
14                 int fj = j+1;
15                 //字符相同
16                 if(str1.charAt(i) == str2.charAt(j)){
17                     // 满足第一种状况
18                     vals[fi][fj] = vals[fi-1][fj-1] + 1;
19                     //字符不相同
20                 }else if(str1.charAt(i) != str2.charAt(j)){
21                     //满足第二种状况
22                     vals[fi][fj] = Math.max(vals[fi-1][fj],vals[fi][fj-1]);
23                 }
24             }
25         }
26 
27         for(int i=0;i<len1;i++){
28             System.out.println(Arrays.toString(vals[i]));
29         }
30 
31         return vals[len1][len2];
32     }
34     public static void main(String[] args) {
36         String str1 = "ABCBDAB";
37         String str2 = "BDCABA";
38         System.out.println(getLCS(str1,str2));
41     }
42 }

 输出结果:

[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
[0, 0, 0, 0, 1, 1, 1]
[0, 1, 1, 1, 1, 2, 2]
[0, 1, 1, 2, 2, 2, 2]
[0, 1, 1, 2, 2, 3, 3]
[0, 1, 2, 2, 2, 3, 3]
[0, 1, 2, 2, 3, 3, 4]
4

 

最长公共子序列(LCS)

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原文地址:http://www.cnblogs.com/moongeek/p/7530730.html

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