基于遗传距离的方法构建系统进化树

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一、基于SNPs和INDELs估计遗传距离

Plink --file --distance-matrix --recode --out Distance.out 

生成两个文件：

1. Distance.out.mdist 

2.  Distance.out.mdist.id

 二、接下来基于遗传距离矩阵构建系统进化树软件使用

 /lustre/softs/phylip neighbor （邻接法）,输入mdist文件,生成outfile和outree

三、使用Figtree对outree聚类树的可视化

引自：Mingzhou Li at al.,  Nature genetics

基于遗传距离的方法构建系统进化树

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原文地址：https://www.cnblogs.com/ZhangBillZhang/p/13112211.html