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DNA比对

时间:2015-02-18 15:12:54      阅读:154      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

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【编程题】(满分27分)

    脱氧核糖核酸即常说的DNA,是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为:A、G、C、T。

    DNA携带的遗传信息可以用形如:AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差,这才最终造就了生物的多样性。

    为了简化问题,我们假设,DNA在复制的时候可能出现的偏差是(理论上,对每个碱基被复制时,都可能出现偏差):

  1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为:AGT

    2. 错码,例如把 AGGT 复制成了:AGCT

    3. 重码,例如把 AGGT 复制成了:AAGGT


    如果某DNA串a,最少要经过 n 次出错,才能变为DNA串b,则称这两个DNA串的距离为 n。

    例如:AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

    你的任务是:编写程序,找到两个DNA串的距离。


【输入、输出格式要求】

    用户先输入整数n(n<100),表示接下来有2n行数据。

    接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。(每行数据长度<10000)

    程序则输出n行,表示这n组DNA的距离。

    例如:用户输入:
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

    则程序应输出:
1
1
2

 1 #include <iostream>
 2 #include <cstdio>
 3 #include <cstdlib>
 4 #include <cstring>
 5 #include <cmath>
 6 #include <algorithm>
 7 #include <string>
 8 #include <vector>
 9 #include <set>
10 #include <stack>
11 #include <queue>
12 #include <map> 
13 #include <ctime>
14 #include <iomanip> 
15 using namespace std;
16 const int INF=0x7ffffff;
17 const double EXP=1e-8;
18 const int MS=10005;
19 typedef long long LL;
20 int dp[MS][MS]; 
21 
22 int minv(int a,int b,int c)
23 {
24     return a>b?(b>c?c:b):(a>c?c:a);    //  min(a,min(b,c))
25 }
26 /*
27 ACT
28 ACTT        dp[i][j]=dp[i][j-1]+1;
29 
30 
31 ACTT
32 ACT        dp[i][j]=dp[i-1][j]+1    丢失等效于增加
33 
34 
35 ACT
36 ACG      dp[i][j]=d[i-1][j-1]+1    
37 
38 */
39 
40 
41 
42 
43 void solve(string &s1,string &s2)
44 {
45     int len1=s1.length();
46     int len2=s2.length();
47     for(int i=0;i<=len1;i++)
48         dp[i][0]=i;
49     for(int i=0;i<=len2;i++)
50         dp[0][i]=i;
51     for(int i=1;i<=len1;i++)
52     {
53         for(int j=1;j<=len2;j++)
54         {
55             if(s1[i-1]==s2[j-1])
56                 dp[i][j]=dp[i-1][j-1];
57             else
58             {                //  增加         减少          修改 
59                 dp[i][j]=minv(dp[i][j-1]+1,dp[i-1][j]+1,dp[i-1][j-1]+1);
60             }
61         }
62     }
63     cout<<dp[len1][len2]<<endl;
64     return ; 
65 }
66 
67 int main()
68 {
69     int n;
70     string str1,str2;
71     cin>>n;
72     while(n--)
73     {
74         cin>>str1>>str2;
75         solve(str1,str2);
76     }
77     return 0;
78 }

 

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原文地址:http://www.cnblogs.com/767355675hutaishi/p/4295773.html

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