samtools： Utilities for the SAM format
下面介绍一下samtools 常用的功能：
1，对fasta文件建立index
samtools faidx ref.fasta
2, 将sam文件转化为bam文件
samtools view -bS in.sam > in.bam
3, 查看bam文件的head信息
samtools view -H in.bam
4, 将bam文件进行sort
samtools sort aln.bam anl.sorted #默认是根据coordinate进行sort， 如果输入bam文件为in.bam , 则输出文件名为in.sorted.bam
5, 去除bam文件中pcr导致的重复reads信息
samtools rmdup in.bam in.rmp.bam
6, 合并bam文件
samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam # 假如in1.bam, in2.bam, in3.bam是某个某样本的三个重复，我们可以将他们合并为一个bam文件。
samtools merge -R chr1 out.bam in1.bam in2.bam in3.bam # 如果想对部分合并，如至合并一号染色的上的bam文件合并，chr1必须为序列的名字，一号染色体序列的名字为Chr1，那么就应为-R Chr1
7, 对bam文件建立index
samtools index in.bam #结果文件名为in.bam.bai
8, 用samtools call snp
另见其他博文
samtools 常用的使用方法,布布扣,bubuko.com
原文地址：http://www.cnblogs.com/freemao/p/3763498.html
