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彻底搞懂spark的shuffle过程(shuffle write)

时间:2018-06-20 00:51:33      阅读:367      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

标签:unsafe   EAP   使用   location   不同   res   表示   key   ble   

什么时候需要 shuffle writer

假如我们有个 spark job 依赖关系如下

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我们抽象出来其中的rdd和依赖关系:


E <-------n------,                    C <--n---D---n-----F--s---,                            A <-------s------ B <--n----`-- G

对应的划分后的RDD结构为:

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最终我们得到了整个执行过程:

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中间就涉及到shuffle 过程,前一个stage 的 ShuffleMapTask 进行 shuffle write, 把数据存储在 blockManager 上面, 并且把数据位置元信息上报到 driver 的 mapOutTrack 组件中, 下一个 stage 根据数据位置元信息, 进行 shuffle read, 拉取上个stage 的输出数据。

这篇文章讲述的就是其中的 shuffle write 过程。

spark shuffle 演进的历史

  • Spark 0.8及以前 Hash Based Shuffle

  • Spark 0.8.1 为Hash Based Shuffle引入File Consolidation机制

  • Spark 0.9 引入ExternalAppendOnlyMap

  • Spark 1.1 引入Sort Based Shuffle,但默认仍为Hash Based Shuffle

  • Spark 1.2 默认的Shuffle方式改为Sort Based Shuffle

  • Spark 1.4 引入Tungsten-Sort Based Shuffle

  • Spark 1.6 Tungsten-sort并入Sort Based Shuffle

  • Spark 2.0 Hash Based Shuffle退出历史舞台

总结一下, 就是最开始的时候使用的是 Hash Based Shuffle, 这时候每一个Mapper会根据Reducer的数量创建出相应的bucket,bucket的数量是M R ,其中M是Map的个数,R是Reduce的个数。这样会产生大量的小文件,对文件系统压力很大,而且也不利于IO吞吐量。后面忍不了了就做了优化,把在同一core上运行的多个Mapper 输出的合并到同一个文件,这样文件数目就变成了 cores R 个了,

举个例子:

本来是这样的,3个 map task, 3个 reducer, 会产生 9个小文件,

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是不是很恐怖, 后面改造之后

4个map task, 4个reducer, 如果不使用 Consolidation机制, 会产生 16个小文件。

但是但是现在这 4个 map task 分两批运行在 2个core上, 这样只会产生 8个小文件

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在同一个 core 上先后运行的两个 map task的输出, 对应同一个文件的不同的 segment上, 称为一个 FileSegment, 形成一个 ShuffleBlockFile,

后面就引入了  Sort Based Shuffle, map端的任务会按照Partition id以及key对记录进行排序。同时将全部结果写到一个数据文件中,同时生成一个索引文件, 再后面就就引入了 Tungsten-Sort Based Shuffle, 这个是直接使用堆外内存和新的内存管理模型,节省了内存空间和大量的gc, 是为了提升性能。

现在2.1 分为三种writer, 分为 BypassMergeSortShuffleWriter, SortShuffleWriter 和 UnsafeShuffleWriter,顾名思义,大家应该可以对应上,我们本着过时不讲的原则, 本文中只描述这三种 writer 的实现细节, Hash Based Shuffle 已经退出历史舞台了,我就不讲了。

三种 writer 的分类

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上面是使用哪种 writer 的判断依据, 是否开启 mapSideCombine 这个判断,是因为有些算子会在 map 端先进行一次 combine, 减少传输数据。 因为 BypassMergeSortShuffleWriter 会临时输出Reducer个(分区数目)小文件,所以分区数必须要小于一个阀值,默认是小于200。

UnsafeShuffleWriter需要Serializer支持relocation,Serializer支持relocation:原始数据首先被序列化处理,并且再也不需要反序列,在其对应的元数据被排序后,需要Serializer支持relocation,在指定位置读取对应数据。

BypassMergeSortShuffleWriter 实现细节

BypassMergeSortShuffleWriter和Hash Shuffle中的HashShuffleWriter实现基本一致, 唯一的区别在于,map端的多个输出文件会被汇总为一个文件。 所有分区的数据会合并为同一个文件,会生成一个索引文件,是为了索引到每个分区的起始地址,可以随机 access 某个partition的所有数据。

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但是需要注意的是,这种方式不宜有太多分区,因为过程中会并发打开所有分区对应的临时文件,会对文件系统造成很大的压力。

具体实现就是给每个分区分配一个临时文件,对每个 record的key 使用分区器(模式是hash,如果用户自定义就使用自定义的分区器)找到对应分区的输出文件句柄,直接写入文件,没有在内存中使用 buffer。 最后copyStream方法把所有的临时分区文件拷贝到最终的输出文件中,并且记录每个分区的文件起始写入位置,把这些位置数据写入索引文件中。

SortShuffleWriter 实现细节

我们可以先考虑一个问题,假如我有 100亿条数据,但是我们的内存只有1M,但是我们磁盘很大, 我们现在要对这100亿条数据进行排序,是没法把所有的数据一次性的load进行内存进行排序的,这就涉及到一个外部排序的问题,我们的1M内存只能装进1亿条数据,每次都只能对这 1亿条数据进行排序,排好序后输出到磁盘,总共输出100个文件,最后怎么把这100个文件进行merge成一个全局有序的大文件。我们可以每个文件(有序的)都取一部分头部数据最为一个 buffer, 并且把这 100个 buffer放在一个堆里面,进行堆排序,比较方式就是对所有堆元素(buffer)的head元素进行比较大小, 然后不断的把每个堆顶的 buffer 的head 元素 pop 出来输出到最终文件中, 然后继续堆排序,继续输出。如果哪个buffer 空了,就去对应的文件中继续补充一部分数据。最终就得到一个全局有序的大文件。

如果你能想通我上面举的例子,就差不多搞清楚sortshufflewirter的实现原理了,因为解决的是同一个问题。

SortShuffleWriter 中的处理步骤就是

  • 使用 PartitionedAppendOnlyMap 或者 PartitionedPairBuffer 在内存中进行排序,  排序的 K 是(partitionId, hash(key)) 这样一个元组。

  • 如果超过内存 limit, 我 spill 到一个文件中,这个文件中元素也是有序的,首先是按照 partitionId的排序,如果 partitionId 相同, 再根据 hash(key)进行比较排序

  • 如果需要输出全局有序的文件的时候,就需要对之前所有的输出文件 和 当前内存中的数据结构中的数据进行  merge sort, 进行全局排序

和我们开始提的那个问题基本类似,不同的地方在于,需要对 Key 相同的元素进行  aggregation, 就是使用定义的 func 进行聚合, 比如你的算子是 reduceByKey(+), 这个func 就是加法运算, 如果两个key 相同, 就会先找到所有相同的key 进行 reduce(+) 操作,算出一个总结果 Result,然后输出数据(K,Result)元素。

SortShuffleWriter 中使用 ExternalSorter 来对内存中的数据进行排序,ExternalSorter内部维护了两个集合PartitionedAppendOnlyMap、PartitionedPairBuffer, 两者都是使用了 hash table 数据结构, 如果需要进行 aggregation, 就使用 PartitionedAppendOnlyMap(支持 lookup 某个Key,如果之前存储过相同key的K-V 元素,就需要进行 aggregation,然后再存入aggregation后的 K-V), 否则使用 PartitionedPairBuffer(只进行添K-V 元素),

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我们可以看上图, PartitionedAppendOnlyMap 中的 K 是(PatitionId, K)的元组, 这样就是先按照partitionId进行排序,如果 partitionId 相同,再按照  hash(key)再进行排序。

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首先看下  AppendOnlyMap, 这个很简单就是个 hash table,其中的 K 是(PatitionId, hash(Key))的元组, 当要 put(K, V) 时,先 hash(K) 找存放位置,如果存放位置已经被占用,就使用 Quadratic probing 探测方法来找下一个空闲位置。对于图中的 K6 来说,第三次查找找到 K4 后面的空闲位置,放进去即可。get(K6) 的时候类似,找三次找到 K6,取出紧挨着的 V6,与先来的 value 做 func,结果重新放到 V6 的位置。

下面看下  ExternalAppendOnlyMap 结构, 这个就是内存中装不下所有元素,就涉及到外部排序,

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上图中可以看到整个原理图,逻辑也很简单, 内存不够的时候,先spill了四次,输出到文件中的元素都是有序的,读取的时候都是按序读取,最后跟内存剩余的数据进行 全局merge。

merge 过程就是 每个文件读取部分数据(StreamBuffer)放到 mergeHeap 里面, 当前内存中的 PartitionedAppendOnlyMap 也进行 sort,形成一个 sortedMap 放在 mergeHeap 里面,  这个 heap 是一个 优先队列 PriorityQueue, 并且自定义了排序方式,就是取出堆元素StreamBuffer的head元素进行比较大小,

val heap = new mutable.PriorityQueue[Iter]()(new Ordering[Iter] {
      // Use the reverse of comparator.compare because PriorityQueue dequeues the max
      override def compare(x: Iter, y: Iter): Int = -comparator.compare(x.head._1, y.head._1)
    })

这样的话,每次从堆顶的 StreamBuffer 中 pop 出的 head 元素就是全局最小的元素(记住是按照(partitionId,hash(Key))排序的), 如果需要 aggregation, 就把这些key 相同的元素放在一个一个 mergeBuffers 中,  第一个被放入 mergeBuffers 的 StreamBuffer 被称为 minBuffer,那么 minKey 就是 minBuffer 中第一个 record 的 key。当 merge-combine 的时候,与 minKey 有相同的Key的records 被 aggregate 一起,然后输出。

如果不需要 aggregation, 那就简单了, 直接把 堆顶的 StreamBuffer 中 pop 出的 head 元素 返回就好了。

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最终读取的时候,从整个 全局 merge 后的读取迭代器中读取的数据,就是按照 partitionId 从小到大排序的数据, 读取过程中使用再按照 分区分段, 并且记录每个分区的文件起始写入位置,把这些位置数据写入索引文件中。

UnsafeShuffleWriter 实现细节

UnsafeShuffleWriter 里面维护着一个 ShuffleExternalSorter, 用来做外部排序,  外部排序就是要先部分排序数据并把数据输出到磁盘,然后最后再进行merge 全局排序, 既然这里也是外部排序,跟 SortShuffleWriter 有什么区别呢, 这里只根据 record 的 partition id 先在内存 ShuffleInMemorySorter 中进行排序, 排好序的数据经过序列化压缩输出到换一个临时文件的一段,并且记录每个分区段的seek位置,方便后续可以单独读取每个分区的数据,读取流经过解压反序列化,就可以正常读取了。

整个过程就是不断地在 ShuffleInMemorySorter 插入数据,如果没有内存就申请内存,如果申请不到内存就 spill 到文件中,最终合并成一个 依据 partition id 全局有序 的大文件。

SortShuffleWriter 和  UnsafeShuffleWriter 对比

区别UnsafeShuffleWriterSortShuffleWriter
排序方式 最终只是 partition 级别的排序 先 partition 排序,相同分区 key有序
aggregation 没有反序列化,没有aggregation 支持 aggregation

使用 UnsafeShuffleWriter 的条件

  • 没有指定 aggregation 或者key排序, 因为 key 没有编码到排序指针中,所以只有 partition 级别的排序

  • 原始数据首先被序列化处理,并且再也不需要反序列,在其对应的元数据被排序后,需要Serializer支持relocation,在指定位置读取对应数据。 KryoSerializer 和 spark sql 自定义的序列化器 支持这个特性。

  • 分区数目必须小于 16777216 ,因为 partition number 使用24bit 表示的。

  • 因为每个分区使用 27 位来表示 record offset, 所以一个 record 不能大于这个值。

内存排序并输出文件

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我们不妨看向对记录排序的例子。一个标准的排序步骤需要为记录储存一组的指针,并使用quicksort 来互换指针直到所有记录被排序。基于顺序扫描的特性,排序通常能获得一个不错的缓存命中率。然而,排序一组指针的缓存命中率却很低,因为每个比较运算都需要对两个指针解引用,而这两个指针对应的却是内存中两个随机位置的数据。

那么,我们该如何提高排序中的缓存本地性?其中一个方法就是通过指针顺序地储存每个记录的sort key。我们使用 8个字节(partition id 作为 key, 和数据真正的指针)来代表一条数据,放在一个 sort array 中,每次对比排序的操作只需要线性的查找每对pointer-key,从而不会产生任何的随机扫描。 这样如果对所有记录的 partion 进行排序的时候, 直接对这个数据里面的进行排序,就好了,极大的提高了性能。

当然 这里对数据排序, UnsafeShuffleWriter 使用的是 RadixSort, 这个很简单,我就不介绍了, 不同清楚的可以参考下 这个文档 http://bubkoo.com/2014/01/15/sort-algorithm/radix-sort/

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上面是申请内存的过程,申请到的内存作为 一个 page 记录在  allocatedPages 中,spill的时候进行 free 这些内存, 有一个当前使用的 currentPage, 如果不够用了,就继续去申请。

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大家可以看下上面的图, 每次插入一条 record 到page 中, 就把 partionId + pageNumber + offset in page, 作为一个元素插入到 LongArray 中, 最终读取数据的时候, 对LongArray 进行 RadixSort 排序,  排序后依次根据指针元素索引原始数据,就做到 partition 级别有序了。

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spill 文件的时候, UnsafeShuffleInMemorySorter 生成一个数据迭代器, 会返回一个根据partition id 排过序迭代器,该迭代器粒度每个元素就是一个指针,对应 PackedRecordPointer 这个数据结构, 这个 PackedRecordPointer 定义的数据结构就是  [24 bit partition number][13 bit memory page number][27 bit offset in page]  然后到根据该指针可以拿到真实的record, 在一开始进入UnsafeShuffleExternalSorter 就已经被序列化了,所以在这里就纯粹变成写字节数组了。一个文件里不同的partiton的数据用fileSegment来表示,对应的信息存在 SpillInfo 数据结构中。

合并文件

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每个spill 文件的分区索引都保存在 SpillInfo 数据结构中, Task结束前,我们要做一次mergeSpills操作, 如果 fastMergeEnabled  并且压缩方式支持 concatenation of compressed data, 就可以直接 简单地连接相同分区的压缩数据到一起,而且不用解压反序列化。使用一种高效的数据拷贝技术,比如  NIO’s transferTo 就可以避免解压和 buffer 拷贝。

彻底搞懂spark的shuffle过程(shuffle write)

标签:unsafe   EAP   使用   location   不同   res   表示   key   ble   

原文地址:https://www.cnblogs.com/itboys/p/9201750.html

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